Dennis Haysbert spielt Senator David PalmerDie erste Staffel beginnt und endet um Mitternacht. Sie spielt am Tag des Super Tuesday, dem Tag der kalifornischen Vorwahlen zur amerikanischen Präsidentschaft.
Jack Bauer lebt, nachdem er kurze Zeit von seiner Frau getrennt war, inzwischen wieder bei seiner Familie. Jedoch hat er immer noch mit familiären Problemen zu kämpfen.
An besagtem Tag ist ein Attentat auf den aussichtsreichen Präsidentschaftskandidaten der Demokraten, Senator David Palmer geplant. Bauer, der Leiter der CTU, wird mit der Aufdeckung der Attentatspläne beauftragt. Jedoch entstehen Meinungsverschiedenheiten zwischen Jack, seiner Stellvertreterin und ehemaligen Geliebten Nina Myers sowie seinem Arbeitskollegen Tony Almeida. Dadurch wird die Vereitelung des Attentats erschwert.
Palmer ist im Laufe des Tages mit familiären Problemen und politischen Skandalen konfrontiert. Dazu zählt vor allem der Umstand, dass Palmers Sohn Keith vor langer Zeit in den Unfalltod des Vergewaltigers seiner Schwester verwickelt war. Palmer möchte noch am gleichen Tag die Sache an die Öffentlichkeit bringen, weil er glaubt, dass der Skandal ihn irgendwann ohnehin einholen würde und um den Wählern die Entscheidung darüber zu ermöglichen. Palmers Frau Sherry versucht im Laufe der Nacht und des Tages mit allen Mitteln, dies zu verhindern. Am Ende setzt sich David Palmer durch und wird von den Wählern mit einem Wahlsieg belohnt. Das Verhältnis zwischen Palmer und seiner Frau ist dadurch nachhaltig erschüttert. Die Beziehung zwischen David Palmer und Jack Bauer, die bereits vor Staffelbeginn bestand, wird im Laufe dieses Tages erläutert.
Der Super-Tuesday ist nämlich gleichzeitig der zweite Jahrestag der Mission Nightfall, in die Bauer und Palmer involviert waren. Beide glaubten, sie hätten Viktor Drazen, die rechte Hand des serbischen Präsidenten Miloševic, im Kosovo getötet. Jedoch waren nur seine Frau und seine Tochter ums Leben gekommen, Drazen überlebte. Da die Mission von Jack Bauer geführt wurde, will Drazen an ihm und an David Palmer Rache üben, der zu dieser Zeit als Vorsitzender eines Kongressausschusses den Befehl zu diesem Einsatz gab.
Die beiden Söhne von Drazen haben Ira Gaines und seine Verbrecherorganisation beauftragt, Palmer um acht Uhr während einer Rede vor Arbeitern in einem Kraftwerk zu erschießen. Um Jack erpressen zu können, werden bei einem vermeintlichen Date Jacks Tochter Kim, ihre Freundin und später auch Jacks Frau Teri entführt. Um seine Familie vor dem Tod zu bewahren, soll Jack bei dem Attentat die Mordwaffe anfassen, damit es so aussieht, als ob er selbst das Attentat ausgeführt hätte. Mit viel Glück und Geschick gelingt es Bauer, dass weder das Attentat auf Palmer verübt noch seine Familie in Gefahr gebracht wird.
Nach der Befreiungsaktion wird Jacks Familie nach einem kurzen Krankenhausaufenthalt in ein Schutzhaus gebracht. Dieses wird jedoch von einem Komplizen Drazens kompromittiert, wodurch Teri und Kim erneut getrennt werden. Nach einigen Verwicklungen fällt Kim wieder in die Hände der Drazens.
Jack erfährt, dass Victor Drazen beim damaligen Anschlag nicht starb, sondern unter Geheimhaltung von der Regierung gefangen genommen wurde. Bei der Verlegung in ein Hochsicherheitsgefängnis wird Drazen von seinem Sohn befreit und Jack als Geisel genommen, um die Freilassung von Alexis Drazen, Drazens zweiten Sohnes, aus der Gefangenschaft der CTU zu erpressen.
Nach Zustimmung von Senator Palmer wird Drazen im Austausch mit Jack freigelassen, Kim befindet sich jedoch immer noch in der Gewalt der Terroristen. Damit sie nicht umgebracht wird, soll ihr Vater ein Handy zu Palmer bringen, über das Drazen angeblich mit Palmer verhandeln will. Das Handy entpuppt sich jedoch als ferngezündete Bombe. Jedoch überleben Bauer und Palmer den Anschlag unverletzt. Damit Kim nicht getötet wird, wird den Medien zunächst gesagt, Palmer sei tatsächlich tot. Auch dies geschieht gegen den ausdrücklichen Willen von Sherry Palmer.
Nina Myers entpuppt sich gegen Ende der Staffel als Maulwurf, der Drazen fortwährend interne Informationen aus der CTU berichtet hat. Von Nina erfährt Drazen auch, dass Palmer doch noch lebt. Es stellt sich auch heraus, dass sie die CTU-Mitarbeiterin Jamie umgebracht hat, deren Tod sie als Selbstmord erscheinen ließ. Sie will Jack in eine Falle locken, indem sie ihm sagt, dass Drazen Kim ermordet habe und die Hafenwacht ihre Leiche aus dem Wasser gezogen habe. Voller Wut dringt Jack in Drazens Versteck ein und tötet dort alle, auch Victor Drazen und seinen Sohn. Jack kann jedoch Kim nicht finden, da sie bereits entkommen konnte.
Da Kim lebt, ist Myers nun als Maulwurf enttarnt. Als sie bei der Flucht aus dem CTU-Gebäude von Jacks Frau Teri zufällig aufgehalten wird, tötet sie Teri. Myers Flucht misslingt, da Bauer sie festnehmen kann. Die Staffel endet, als Jack seine Tochter in der CTU wiedersieht und dort die Leiche seiner Frau findet.
Die DVD-Version hat ein alternatives Ende, bei dem Nina Myers Jacks Frau verschont.