Staffel 2

Carlos Bernard spielt den Bundesagenten Tony AlmeidaDie zweite Staffel beginnt und endet um 8 Uhr morgens und spielt 18 Monate nach der ersten. Der zurückgetretene CTU-Agent Jack Bauer lebt jetzt allein und ist nach dem Mord an seiner Frau psychisch stark belastet. Die Beziehung zu seiner Tochter Kim hat gelitten, da sie bei seinem Auftauchen stets an ihre tote Mutter denken muss und sich dieser psychischen Belastung auf Dauer noch nicht gewachsen sieht.

Die von dem Terroristen Sayed Ali angeführte Terrorzelle Second Wave hat es geschafft, eine Atombombe in die Vereinigten Staaten zu schmuggeln. David Palmer, der zum Präsidenten gewählt wurde und inzwischen von seiner Frau Sherry geschieden ist, scheint noch gestärkter zu sein als zuvor. Nachdem ihn erste Geheimdienstinformationen über die Existenz der Bombe erreichen, bittet er Jack, die drohende Zündung über Los Angeles zu verhindern und wieder mit der CTU zusammenzuarbeiten.

Jacks Tochter Kim arbeitet inzwischen als Kindermädchen in der Familie Matheson, in deren Haus sie auch wohnt. Sie erlangt Kenntnis davon, dass der Vater seine junge Tochter Megan misshandelt. Als Kim mit ihr flieht, wird sie zunächst von dem Vater verfolgt, später sucht auch die Polizei wegen Entführung nach ihr. Kim, Megan und Kims Freund Miguel versuchen in Mathesons Auto aus Los Angeles zu fliehen, fallen jedoch bei einer Verkehrskontrolle auf. Dabei findet die Polizei in dem Kofferraum des Wagens die Leiche von Mathesons Frau. Kim muss sich nun eine Weile lang auch noch mit einem Mordvorwurf auseinandersetzen.

Die CTU wird inzwischen von George Mason geleitet. Es spielen besonders Aula Schaeffer, Carrie Turner, die neue Computerexpertin Michelle Dessler und der aus der vorangegangenen Staffel bekannte Tony Almeida eine Rolle. Alle unterstützen Jack bei dessen Suche nach der Atombombe und den Hintermännern der Bedrohung. Einige Male kommt es jedoch erneut zu Meinungsverschiedenheiten zwischen Jack und Tony, insbesondere über die Behandlung von Kate Warner, einer Zeugin, die als Schwester von Marie Warner, einer der Terroristen, eine wichtige Rolle spielt. Kate, die älteste Tochter des wohlhabenden Geschäftsmannes Bob Warner, betreibt Nachforschungen über Reza, den Verlobten ihrer Schwester Marie, wobei Verbindungen zu dem geplanten nuklearen Angriff bekannt werden. Kate trifft mit Jack zusammen und gewinnt dessen Vertrauen. Später stellt sich heraus, dass Reza nur eine Randfigur ist, die von Marie und Sayed Ali benutzt wurde.

Am Anfang dieser Staffel ist die CTU Ziel eines Bombenanschlags, was sich allerdings als Ablenkungsmanöver herausstellt. Nina Myers hatte bereits vor den Ereignissen in Staffel 1 die Pläne des CTU-Gebäudes an Alis Männer verkauft. Der Präsident begnadigt Nina, um weitere Informationen von ihr zu erhalten.

Schließlich wird die Atombombe an einem Flugplatz in Los Angeles gefunden, aber es ist nicht mehr möglich, sie zu entschärfen. Mason, durch den Kontakt mit Plutonium dem Tode geweiht, fliegt die Bombe in die Wüste, wo sie explodiert, ohne großen Schaden zu verursachen. Ein der CTU zugespielter Gesprächsmitschnitt, die sogenannte „Zypern-Aufnahme“, scheint zu beweisen, dass drei ungenannte Staaten aus dem Nahen Osten ein Bündnis mit Sayed Ali eingegangen sind und an dem versuchten Anschlag beteiligt waren.

Während der Stab um Präsident Palmer deswegen einen Krieg gegen diese Staaten plant, stellt Jack fest, dass die Zypern-Aufnahme eine Fälschung ist und eine Gruppe von Erdöl-Industriellen, angeführt von einem Mann namens Peter Kingsley, dahinter steckt. Als Jack Palmer davon berichtet, bläst er zum Missfallen der Joint Chiefs of Staff, des Vizepräsidenten und seines langjährigen Freundes und Beraters Mike Novick die Kriegsvorbereitungen kurzfristig ab. Novick und der Vizepräsident lassen daraufhin die Amtsunfähigkeit des Präsidenten offiziell feststellen, woraufhin Palmer abgesetzt wird und die Kriegsvorbereitungen fortgesetzt werden.

Am Ende der Staffel gelingt es Jack mit Hilfe von Palmers Exfrau Sherry und dem Programmierer Alex Hewitt, die Gruppe der Verschwörer ausfindig zu machen und den Krieg zu verhindern. Ein SWAT-Team kommt beim Feuergefecht im Los Angeles Memorial Coliseum zu Hilfe. Der zum Präsidenten beförderte Vizepräsident bläst den Angriff kurz vor dessen Durchführung ab. Palmer erhält sein Amt als Präsident zurück und lehnt den angebotenen Rücktritt seines Vizepräsidenten und der Minister, die für Palmers Absetzung gestimmt hatten, ab. Nach einer Rede an die Nation und dem danach folgenden Händeschütteln fällt Palmer einem Anschlag mit Kontaktgift zum Opfer. Bei der Attentäterin handelt es sich um Mandy, die in Staffel eins für die Drazens ein Flugzeug in die Luft jagte. Die Staffel endet mit dem Ausblenden des am Boden liegenden Präsidenten Palmer. Ob er überlebt, wird offen gelassen.