Staffel 6
Die sechste Staffel beginnt und endet um 6 Uhr morgens und spielt 20 Monate nach dem Ende der fünften Staffel.

Eine Welle von Terroranschlägen erschüttert die USA. Wayne Palmer, der jüngere Bruder des ermordeten Ex-Präsidenten David Palmer, ist inzwischen selbst Präsident der Vereinigten Staaten und trifft ein Abkommen mit den Chinesen, dass Jack Bauer freigelassen wird. Dieser hat in den 20 Monaten seiner Gefangenschaft nichts preisgegeben und ist schwer von den Folterungen durch die Chinesen gezeichnet. Er soll einem Terroristen namens Abu Fayed übergeben werden, der ihn töten will. Abu Fayed soll im Gegenzug der Regierung den Aufenthaltsort des gesuchten Terroristen Assad verraten, der für die Anschläge verantwortlich gemacht wird. Während Fayed Jack foltert, erzählt ihm der Terrorist, dass Assad gar nicht hinter den Anschlägen steckt, sondern Fayed selbst und er Jack aus Rache töten will, denn Jack tötete einst seinen Bruder. Kurz danach kann Bauer fliehen und die Zerstörung von Assads Haus in Los Angeles verhindern.

Assad wird vom Präsidenten begnadigt. Er soll dabei behilflich sein, Fayeds neuen Aufenthaltsort zu finden. Es wird bekannt, dass die Terroristen noch vier weitere nukleare Sprengsätze besitzen. Plötzlich kommt der Name von Jacks Vater Phillip Bauer ins Spiel, der durch seine Firma BXJ Technologies mit den Atombomben in Verbindung stehen soll. Jack kann ihn zuerst nicht ausfindig machen. Er fährt zum Haus seines Bruders Graem, um ihn über den Vater zu befragen. Dort trifft er erstmals auf seine Ex-Freundin und die aktuelle Frau seines Bruders Marylin sowie seinen Neffen Josh.

Um den Aufenthaltsort Grdenkos, eines russischen Ex-Generals und zweiten Kopfes der nuklearen Terror-Aktionen, zu erfahren, bedient sich Jack der Hilfe des in Ungnade gefallenen Ex-Präsidenten Charles Logan. Die Spur führt zum russischen Konsul in Los Angeles. Im Alleingang nimmt Jack diesen in der Botschaft gefangen und wird über den Standort der drei verbliebenen Atombomben unterrichtet.

Jack erfährt, dass seine Freundin Audrey Raines bei einem Autounfall ums Leben gekommen sei, als sie auf der Suche nach ihm war. Währenddessen installieren die Terroristen einen dritten Atomsprengkopf in eine unbemannte Drohne. Ziel soll San Francisco werden, jedoch kann Jack die Drohne vor der Explosion landen. Allerdings tritt dabei radioaktives Material aus. Der Vizepräsident ordnet daraufhin trotz gegenteiliger Ratschläge seiner Berater an, einen nuklearen Angriff gegen das Heimatland von Fayed zu starten. Jack gelingt es, Gredenko zu fassen. Er wird gezwungen, sich mit Fayed zu treffen, so dass die CTU seinen Standort ermitteln kann. Gredenko wird ein Sender in den Arm implantiert, damit man über seinen jeweiligen Aufenthaltsort unterrichtet ist. Er lässt jedoch seinen Arm amputieren, um Fayed zu decken und der CTU zu entkommen. Jack kann schließlich Gredenko und Fayed in einer Bar stellen. Gredenko flieht aus der Bar, indem er Fayeds Identität preisgibt, stirbt jedoch durch den hohen Blutverlust. Sicherheitsberaterin Karen Hayes und Wayne Palmers Schwester bringen den Arzt entgegen seiner Empfehlung dazu, Wayne Palmer vorzeitig aus dem Koma zu wecken, worauf dieser den Nuklearangriff abbricht. Kurz darauf veranlasst Palmer jedoch, den Angriff fortzusetzen, was bei Karen Hayes und Tom Lennox für Entsetzen sorgt. Jedoch wird diesmal eine Rakete ohne Atomsprengkopf verwendet. Aus Furcht vor einem Atomschlag kooperiert die Regierung von Fayeds Land, Palmers Bluff funktioniert.

Cheng Zhi teilt Jack telefonisch mit, dass Audrey noch lebt. Cheng fordert von Jack ein Steuerungsmodul aus einer der beiden Atombomben gegen Audreys Freilassung. Jack kann Präsident Palmer überzeugen, dass er das Modul zum Schein an Cheng aushändigt, um diesen nach der Freilassung Audreys zu überwältigen. Während Jack und Agent Mike Doyle auf dem Weg zu Cheng sind, bricht Wayne Palmer, der einen Schlaganfall erlitten hat, bei einer Pressekonferenz vor laufender Kamera zusammen. Vizepräsident Daniels übernimmt erneut das Kommando und widerruft Jacks Aktion. Daraufhin überwältigt Jack Agent Doyle und trifft sich allein mit Cheng. Als er diesem das Modul aushändigen und sich in die Luft sprengen will, nachdem Audrey frei ist, funken Doyle, der ihm gefolgt ist, und die CTU dazwischen, wodurch Cheng mit dem Modul entkommen kann.

Zwischenzeitlich wurde Karen Hayes politisch unter Druck gesetzt und entließ ihren Ehemann Bill als Leiter der CTU. Dieser tritt die Leitung der CTU an Nadia Yassir ab, die bereits den CTU-Einsatz am Treffpunkt Chengs und Jacks befehligt.

Cheng dringt mit einer Eliteeinheit in die CTU ein, wo sie Milo Pressman erschießen, da dieser angibt, der CTU-Direktor zu sein, um Nadia zu schützen. Mike Doyle, der einen Austausch von Jacks Neffen Josh im Gegenzug für den Erhalt des Steuermoduls mit dessen Großvater Philipp durchführen soll, wird schwer verletzt, als ihm nicht das Modul, sondern eine kleine Phosphorbombe ausgehändigt wird. Philipp Bauer, der mit den Chinesen kooperiert, hat nun sowohl den Jungen als auch das Bauteil in seiner Gewalt, das er gegen eine gemeinsame Zukunft mit seinem Enkel in China eintauschen und Cheng aushändigen will.

Vizepräsident Daniels ordnet daraufhin einen Luftangriff gegen die Plattform an, auf der sich Philipp Bauer und Josh befinden, da ein Ultimatum der Russen bald abläuft, welches forderte, das Modul zu zerstören. Jack gelingt es mit Hilfe von Bill Buchanan, den Jungen von der Plattform zu retten und Cheng festzunehmen. Philipp verbleibt allein auf der Plattform, nachdem ihn sein Enkel noch angeschossen hatte, während kurz darauf die Raketen der F18-Kampfflugzeuge einschlagen. Am Ende der Staffel besucht Jack das Haus von James Heller und verabschiedet sich von Audrey, die noch immer schwer gezeichnet von den Torturen der Chinesen ist. Danach verlässt er das am Meer gelegene Haus und geht zu den nahe gelegenen Klippen. Er schaut von einem Felsvorsprung in die Brandung hinunter und atmet schwer.